Сюжетная линия отталкивается со времён собрания 5 хокаге. Всё течёт своим чередом, правда произошло ряд событий. Нагато остался жив, он с Конан покинул Акацки и сейчас они живут в Аме. Итачи тоже выжил, правда он решил это скрыть от Саске и вернулся в Коноху, так как знал, что его брат хочет напасть на Коноху. Что более странно, откуда то вернулась Учиха Микото и Учиха Фугаку (мать и отец Итачи и Саске), хотя Итачи был полностью уверен, что они мертвы. Естественно, Саске не в курсе того ,что его семья жива. Сейчас у Саске лишь одно в голове, это месть, а именно он решил уничтожить Коноху. Но на этом ряд странностей не обрывается, все 4 хокаге ожили. Обито, Рин, Джирая, в общем все живы. Как предпологается их кто-то оживил, но для чего это тоже осталось загадкой. Коноха, решила не скрывать о возвращении 4 хокаге (первого, второго, третьего и четвёртого), но людям всё ещё тяжело в это поверить. А вот о возвращении Учих, Рин и Обито, да и многих других они решили умолчать, почему, тоже не особо понятно. Хатаке Какаши стал 6 хокаге, Данзо не смог добиться своего. Цунаде вышла из комы, но не позволила Хатаке оставить пост хокаге. Наруто стал помощником хокаге, конечно он был  очень счастлив. Акацки опять собрались, правдо у них не весь состав, но всё же это им не мешает строить  очередные планы по захвату биджу. Ах, да после того как Нагато покинул Акацки статуя была разрушена им же. Орочимару остался жив, он всё так же продолжал свои злодейские эксперименты, но отказываться он шарингана он не хотел, он всё ещё надеется заполучить шаринган любым способом.